Der Palacio de Ajuria Enea ist nicht der erste Sitz der Regierung des Baskenlandes im Laufe seiner Geschichte. Als sich die von Diktator Franco angeführten faschistischen Truppen am 18. Juli 1936 gegen die demokratische Führung der Republik erhoben, verlegte die Baskische Regierung unter dem Vorsitz des ersten baskischen Ministerpräsidenten von Euskadi, José Antonio Aguirre y Lekube, ihr Operationszentrum nach Bilbao in das Hotel Carlton.

 1919 von Manuel Maria Smith entworfen, war das Carlton Zeuge wichtiger gesellschaftlicher und kultureller Ereignisse der Gegenwartsgeschichte Euskadis. Von hier aus organisierten Aguirre und seine Regierung das baskische Heer, das während des Spanischen Bürgerkrieges für die Verteidigung der herrschenden demokratischen Werte kämpfte. Heute ist es eines der emblematischsten Gebäude Bilbaos. Es steht an der Plaza Federico Moyúa, wo die Straßen des wichtigsten Finanzzentrums des Stadtteils El Ensanche zusammenfließen und wurde vor kurzem von der Baskischen Regierung zum architektonischen, historischen, künstlerischen und kulturellen Denkmal erklärt. Seinen künstlerischen Wert kann man an allen Details erkennen, die in einem edlen klassischen Stil dekoriert sind. Das Carlton Hotel wurde 1994 umfassend renoviert, um es den heutigen Ansprüchen anzupassen.

 Nach dem Fall Bilbaos im Juni 1937 beschloss die Regierung José Antonio Aguirre ihre Übersiedlung nach Barcelona in die Nummer 66 am Paseo de Gracia, wo vor kurzem ein Schild auf Katalanisch und Baskisch angebracht wurde, das an die offizielle Präsenz der Baskischen Regierung in jenen tragischen Monaten erinnert.

 Von ihrem Sitz in Barcelona aus begann die Regierung Aguirre jedoch mit den Vorbereitungen für das Exil, indem angesichts der unseligen Ereignisse des faschistischen Aufstands Koordinationszentren im Ausland für eine hypothetische Diaspora geschaffen wurden. So wurden nacheinander Baskische Konsulate in London, Bayonne und Buenos Aires eröffnet und dann ein Gebäude in Paris erworben, das schließlich zum offiziellen Sitz der Baskischen Regierung im Exil wurde.

Dank der Beziehungen mehrerer Verbannter, die mit dem baskischen Nationalismus in Verbindung standen, wurde das kleine Palais Nummer 11 in der zentral gelegenen Rue Marceau gekauft. Nach dem Sturz der Republik konzentrierte die Baskische Regierung von diesem historischen Pariser Sitz aus ihre Bemühungen darin, die Zehntausenden baskischer Kriegsflüchtlinge unterzubringen und eine internationale Politik zu gestalten, die die europäischen Demokratien von der Notwendigkeit zur Wiederherstellung der von Franco zerstörten Gesetzmäßigkeit zu überzeugen.

Der Fall der französischen Hauptstadt in die Hände der Nazis im Mai 1940 führte zur Räumung und zur späteren Belegung der Büros durch die Franco-Polizei. Die Niederlage der Achsenmächte gestattete jedoch die Rückkehr der Baskischen Regierung in die Rue Marceau, wo relevante Akte wie 1947 die Unterzeichnung des Gründungsprotokolls der NEI (Nouvelles Equipes Internationales) veranstaltet wurden, der Keimzelle der späteren Europäischen Union Christlicher Demokraten, deren charismatischster Anführer Konrad Adenauer war.

  Leider waren die folgenden Ereignisse für die Baskische Exilregierung weiterhin schwierig. Am 28. Juni 1951 ordnet die Französische Regierung kraft eines Franco-Gesetzes, das Besitzansprüche auf alle Güter der Republik erhob, die endgültige Räumung des Palais an, was die Entscheidung zusammen mit einem starken politischen Druck des neuen illegitimen spanischen Staates auf Frankreich unwiderruflich machte. José Antonio Agirre pflegte später selbst daran zu erinnern, eine seiner schlimmsten Erfahrungen sei die Beschlagnahme des Palais in der Rue Marceau durch den Diktator gewesen und die Tatsache, dass dieser Besitz der baskischen Verwaltung niemals zurück gegeben worden sei. Dieses Gebäude beherbergt seit 1991 den Sitz des Instituto Cervantes in Paris.

EinigeMitglieder jener Baskischen Regierung fanden glücklicherweise einen neuen Wohnsitz in der Nummer 48 der Rue Singer in Paris, um das offizielle Zentrum ins Exil zu überführen. Es handelte sich um ein altes dreistöckiges Herrenhaus, das 1965 nach einer städtebaulichen Umgestaltung abgerissen wurde, um ein neues Gebäude zu errichten. Im Halbsouterrain des Hauses Nr. 50 der Rue Singer blieb die Regierung schließlich, bis Ministerpräsident Leizaola am 15. Dezember 1979 ins Baskenland zurückkehrte.